In der Folgesaison wollte man sofort wieder in die Kreisliga A aufsteigen. Man holte Bodo Flamme nach Rheinbaben. Dieser musste aber nach kurzer Zeit sein Amt aus privaten Gründen räumen, als Interimstrainer übernahm Helmut Malessa die erste Mannschaft. Nach der Winterpause wurde Melvüt Ata Cheftrainer. Der Aufstieg wurde kanpp verfehlt und man landete auf dem dritten Tabellenplatz. Der VfL Bottrop-Ebel stieg vor dem FC Batenbrock in die Kreisliga A auf.
Ab der Saison 2008/2009 trug dann auch die Arbeit Ata's endlich Früchte. Die Mannschaft hielt sich wacker mit GW Holten an der Tabellenspitze. Am 28ten Spieltag kam es dann zum Entscheidungsduell in Holten. Der Sieger sollte sich in der Tabelle absetzen und den Aufstieg planen können. Die Fans der Fortuna reisten mit einem gescharterten Fanbus nach Oberhausen Holten. Nach diesem Spiel liefen die Tränen bei den Fortunen. Das Team um Mevlüt Ata verlor in einem hart umkämften Spiel auf Naturrasen mit 3:2. Somit stieg Holten auch am Ende der Saison in die Kreisliga A auf. Die Fortuna musste nochmals ein Jahr in der Kreisliga B nachsitzen.
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